这次终于让周老二满意了。周老二与对方进行了翻来覆去长久的谈判，最终达成了协议。周老二接受招安，被授予节度使的官职。并且作出承诺，让提刑院的提刑官查办他父亲惨死的案子，对有罪者依照王法予以处置。。
周老二追随者也得到了不同的封赏，周老二这才率军出城投降归顺。
周老二对于宋神宗的人格判断很准，认为他既然答应就不会弄虚作假。果然如此，在答应之后，宋神宗将周老二和他的主要骨干安置在了京城。并赏了宅院，同时正式下旨由卓然侦办此案。
在圣旨下达之后，周老二曾经投下拜帖想拜会卓然。但是卓然却婉言谢绝了，他的答复是，如果自己查案需要了解相关案情，会找他了解。除此之外没有必要交往，至少在案件得出最终结论之前。
周老二很是没脾气，不过他对卓然的决定打心底表示赞叹。他虽然对破案和司法理念没有更深的了解和认识，但是他也觉得一桩案子，不管是怎么样，作出裁判的人不应该过分的与争议的双方中任何一方有亲密的接触。即便是表面上给人这种感觉也是不好的，有时候程序上的公正比实体的公正更让人注目。
所以周老二也就没有坚持，也对此没有提出其他的要求。
卓然接到圣旨之后，他要做的第一件事当然是查清案情。而所有案情的基础当然是两个死者的真正死因，只有死因确认的情况下，才能够确认案件的性质。是谋杀是他杀自杀还是意外事件，在确定案件性质之后，才能够决定是否作为刑事案件予以立案侦破。
所以卓然最先决定解剖的是钟少爷的尸体。因为这具尸体被认为死于谋杀，才最终导致了周老二起兵谋反，究竟周家大少爷是怎么死的？也就成了这桩事情最初起源。
能碰碰运气，结果开棺验尸的结果让卓然很兴奋，也证实了他运气不错。因为尸体已经形成了尸腊，这风水先生给周家选的风水宝地竟然是一块阴地。最终形成了尸腊，而且头部相对保持完好。就让卓然很清晰的看到了案发当时出现的情况。
卓然仔细检查了尸体表面，果然根据尸格记载，看到了尸体的头侧部有两处青紫肿胀。
卓然立刻进行了解剖，结果发现皮下血肿，并没有出血。这就奇怪了，既然是钝器伤，又有乌青，怎么会没有皮下出血呢？相应的颅骨和颅脑也没有任何损伤。卓然立刻明白了，这一处的乌青实际上很可能损害只是头皮，还没有到颅骨或者颅内的脑组织。
很快让卓然发现了真正的死因。他的肺部充满了呕吐物，塞住了他的气管和支气管，在他的食道中也同样发现了呕吐物，包括口腔。
死因也就很清楚了。死者死于吸入性肺炎，结合尸检，发现尸体有浓重的酒味。确定死者应该是喝醉之后躺在长条凳子上昏睡，结果发生呕吐。但是由于醉的太厉害，使得呕吐物无法吐出口外，而直接被吸入了肺部。使他最终无法呼吸而死亡。
卓然立刻叫仵作记录了尸检的情况，随后将尸体重新安葬。
处理完毕之后，卓然没准备再对剩下的两具涉案的尸体进行解剖。因为案件已经很清楚了，另外两具尸体的解剖，对这件案子本身已经没有决定性的意义。
因为另外两件案子的死因，相关当事人都已经做出了肯定性的认定。对于周老大的媳妇，周家也认可她是被水淹死了。但是腿被人砍走这是事实，这一点对案件本身影响不大。
因为随同勘验的刑房和书吏都已经做了记载，的确认定死者双腿被人砍去。而周老汉的死亡根据逃得性命的知县和对团练使的审讯，最终认定周老汉是被团练使用水火棍戳破心脏而死。
卓然考虑到周老二的感受之后没有对他父亲的尸体进行再一次的解剖，不想节外生枝。因为他父亲饱受酷刑虐待，并且被团练使百般殴打，就已经构成了事实的基础。有人证实周老汉是被那一棍捅中心脏之后倒地当场死亡的。团练使自己最终也认可了这一点。
卓然做出了尸体解剖。并进行必要的调查询问之后，他最终得出了案情真相。