以后兵部将是一个军政系统，负责的是军队的行政、后勤、装备、以级武官的选拔、晋升、赏罚等。兵部下面，在原来的各司外，还将设立陆军司、海军司和总装备司、总后勤司等。
而枢密院则是军令系统，握有调令兵。枢密院设枢密使，下面设有总参谋司、以及五军司令部，他们领导天下各个军区和军镇。
刘钧的这套指挥体系里面，军机处成为军事最高决策中心，而兵部改为军政系统，负责的是行政后勤这一体系。大明军队的指挥链条，将是皇帝-军机处-枢密使-总参-五军司令部-各军区-军镇为基本链条，负责大明军队的作战指挥、控制、协调和训练等。
“军机处直接向皇帝负责，其成员为四顾命大臣、兵部尚书、枢密使、总参谋长、前后左右中五军司令、以及陆军司令、海军司令、总装备司长、总后勤司长。”
整个军机处核心成员达到十六人。
军机处是枢密院和兵部的上级，沟通皇帝、总理处和下面的兵部与枢密院。
这是一个很复杂的结构，不过聪明如周延儒、吴甡等人还是一眼看出来了刘钧的真正用意，绕了这么一大圈，实际上就是冲着兵权来的。
如果刘钧当初没撤除五军都督府，那么就很难把指挥权从兵部中抢过去。现在绕上一大圈，先撤除五军部，回头又说兵部权利过大，军政军令不分，然后转头就设立了一个枢密院，还特别设了一个军机处，顿时兵部的核心权力立即被剥夺了。
搞这么复杂，只为掩饰他夺权的野心。
偏偏他还这么聪明，没直接弄个枢密院，而是还另设了一个军机处，把皇帝拉了进来，让他做了军机处的最高决策者。
如此一来，兵部就相当于变成了过去的五军都督府，没了调兵权，只剩下行政后勤了，这跟北宋时的兵部有什么区别？
兵部真正最重要的调兵权，反而转到了枢密院，通过这个总参谋司和五军司令部，握有调兵权。他们隶属的军镇，则直接握有指挥权。
“我反对。”周延儒恼怒的道。
“我也反对。”吴甡也站起来道。
兵部尚书陈新甲也出声反对，如果真这样搞，那他这个兵部尚书还有什么可当的。
这个时候，刘宗周说话了。
做为四顾命之一，他的态度极为关键。现在场面上是周延儒、吴甡联手二比一对刘钧，占多数，持反对意见。
“陛下，老臣以为，郡王的这个提议是老成谋国之议。五军都督府确实早就名存实亡，兵部独掌统兵调兵权，这与祖宗制度不合。如今郡王提出建枢密院掌军令，兵部掌军政，军政军令分开，这是好事。相互制约，方能长久。陛下年幼，再设军机处，负责协调兵部与枢密院，为陛下参谋顾问，这也是个好建议。老臣赞同郡王此议，认为当设立军机处和枢密院。”
二比二。
四顾命大臣，二比二，持平。
关键时候，便看皇帝态度了。
“那就按郡王之议，设立军机处和枢密院。”皇帝一语定音。“此事，就由郡王全权负责。”
第一任枢密使，最后由现任工部尚书范景文出任枢密使。范景文虽是现任工部尚书，但于崇祯七年拜过兵部尚书并参赞机务，有知兵之名。后来因为在黄道周一事上进谏崇祯，惹怒崇祯被贬。此后梅之焕入阁首辅，起用他入朝，再次官至工部尚书。
这也算是一个比较能干实事的官员。
对于这个枢密使，刘钧并没有去争，也没想自己兼任或用自己人。以大明的惯例，是以文驭武，不可能用一个武将来当兵部尚书或者枢密使的。
刘钧也不太在意枢密使谁来当，枢密院最关键的是总参谋长和五个司令，这六个人才是枢密院里最重要的人，何况，枢密院之上还有个军机处。
至于兵部，刘钧干脆任由周延儒他们举荐官员，出任几个军种司令。与五军司令这样类似的战区司令比起来，这几个军种司令其实不过是管着行政后勤而已。
ps：谢谢幕雨宸的支持！