董仲舒认为，“天道之大者在阴阳。阳为德，阴为刑；刑主杀而德主生。是故阳常居大夏，而以生育养长为事；阴常居大冬，而积于空虚不用之处”，他倡导孔子所说的“不教而诛谓之虐”，即如果国君不教化百姓，而一味以律法来惩处，只能称之为暴虐之君，而非仁君。此外，不施教化而只重刑罚，也会导致官吏百姓只知逃脱律法惩处，而不能从内心深处懂得礼义廉耻，如此只会导致奸诈之徒越来越多，而百姓的德行却得不到任何提高。
因此，董仲舒主张“德主刑辅、重德远刑”，建议国君推行仁政，以人伦纲常来教化百姓，而以严刑峻法惩治为辅。为此，董仲舒对于孔孟提出的理论进行了修改，孔孟认为人间有五伦，即君臣、父子、夫妇、兄弟和朋友，董仲舒则择其要者改为“三纲”，即君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲，又将原先儒家主张的“仁、义、礼、智、信”等五种德性合为“五常”，并认为“三纲五常”才是应该被天下人共同遵守的伦理秩序，不能改变。
董仲舒提出，只有在以纲常伦理教化百姓的基础上，再对为恶之人予以惩处，这样才能使得百姓人心向善，才能使得天下安宁。这便是“外儒内法”的理论基础。
三是建立太学、推行察举。董仲舒认为“夫不素养士而欲求贤，譬犹不琢玉而求文采也”，也就是说平时不培养人才却想要寻求贤良，就好比不雕琢玉石却希望它有动人的色彩一样。因此，建议汉武帝广兴太学，聘请高明的学者来教导培养天下士子，如此国家的人才便会源源不断。
董仲舒又指出，如今朝廷推行任子訾选制，年俸两千石的子弟可以出任郎官，进而被任命为郡守、县令，这些人虽然有权有钱，但却不一定贤明。而且古时考核官吏，是根据做官是否称职来区别，而不以在任时间的长短作为标准，因此所有在职官员都竭尽能力施展才能和智慧，争取立功。如今却只看资历而不看功劳，反而以官员在职的时间来决断，只要在职时间久了，就可以得以升官，如此清正廉洁的官员与道德败坏之人难以区分，真正的贤才反而难以得到重用。
董仲舒认为可以让各位诸侯、郡守和两千石以上官员，各自在他们管辖的官吏和百姓中挑选贤才，每年举荐两人，然后随侍皇帝身边，以此来观察大臣们的能力，如果举荐的人足够贤能，就给予推荐的官员奖赏；如果举荐的人不贤，就对推荐的官员加以惩处。如此，诸侯、郡守和两千石以上的官员就会尽心寻找贤才，天下贤才便可全部受到重用了。
自周朝礼乐制度走向崩溃以后，天下有识之士都在努力寻找新的思想理论方向，这才有了诸子百家的诞生，最终以法家为核心的秦国统一了天下，但秦国的迅速灭亡，却证明了法家更适合乱世，却并不适合治世。直到汉朝立国，仍没有任何一种理论，能够占据主导地位，汉初采用“无为而治”，固然是恢复秩序和经济的需要，但又何尝不是一种无奈的选择。
直到历经汉初近百年的交流融合，董仲舒才以儒家思想为基础，融合其余诸家学说之所长，提出了一套完善的理论思想。实际上，董仲舒所提出的儒家思想，早已不同于先秦时期的孔孟儒家思想。
董仲舒的“天人三策”，既通过君权神授理论来竭力为皇权的合法地位做出证明，树立君主的绝对权威，然而“天意”的解释权却被儒生牢牢抓在手中，如此便又依托君权来确立了儒家的正统地位。又通过仁德教化来让臣民尊崇以儒家思想为核心的“三纲五常”这一伦理秩序，从而使得儒家思想广泛传播。同时，又通过设立太学等官办学校的方式，来传播和宣扬儒家思想和道德礼仪，进而使得儒家思想成为社会主流思想，成为帝王治国的主要方略。
这便是后世所说的“独尊儒术，废黜百家”。相较于当年李斯为了思想文化一统，采取“焚诗书、坑儒生”强硬暴力手段，董仲舒认为应该采用以文化统治文化的方式，潜移默化的增强儒家思想的绝对统治地位。在这种方式下，朝廷不必下令禁绝其他各家思想和着作，而是以教育、教化、选官全面服务于儒家思想，从而使得儒家思想逐渐成为政治思想界的决定性力量，进而巩固儒家思想的正统和独尊地位。
当然，董仲舒的目的并非是单纯的尊崇儒家思想，而是为了树立一种国家唯一的统治思想，以思想的统一来为政治上的大一统服务。董仲舒指出，“春秋大一统是‘天地之常经，古今之通谊’，现在师异道，人异论，百家之言宗旨各不相同，使统治思想不一致，法制数变，百家无所适从”。
秦朝以来，虽然国家在形式上已经完成了统一，但这种统一却并不稳固，原因便是缺乏一个被广泛认同的唯一思想，始皇帝和李斯也曾尝试完成思想的融合统一，可惜最终以失败告终，而董仲舒的儒家思想便是为了让天下臣民统一思想，进而形成对汉朝政权的强烈认同感，增强天下臣民的向心力，使得朝廷的统治更加稳固。
实际上，董仲舒所提出的儒家思想，虽然源自于孔孟之道，但相较于春秋战国时期的儒家思想，已经有了本质上的区别，它以春秋时期的儒家思想为核心，但又融入了法家、阴阳家、道家等各派思想。在核心思想上，董仲舒提出的“儒术”采纳了儒家思想中的“以家庭为本位，以伦理为中心，以等级为基础的法律基础和意识形态”，主张以“礼治”和“德治”为核心的“人治”，圣贤决定礼法；身正则令行；法先王，顺人情。但在治理国家和实际执行方面，却又采纳了法家的思想，而在教人向善方面还有部分阴阳家和道家思想。
相较于春秋儒家思想，董仲舒所提出的“儒术”，几乎完全是为中央集权统治所服务的一种新思想。正因如此，董仲舒的这套理论不仅得以被汉武帝所采纳，成为汉武帝治国理政的核心思想，更为后世历代王朝所推崇，也正是由于这一套理论，极大推动了大一统思想的形成。
实际上，汉武帝对儒家思想一直都比较尊崇，这点从汉武帝即位之初的改革便可以看出来，而就在这次推举贤良的前两年，即建元五年（前136年），汉武帝便又诏令设立五经博士，再度重申了尊崇儒术的观点。正因如此，在元光元年第二次下诏纳贤时，汉武帝才会采纳丞相田蚡“黜黄老、刑名百家之言”的建议，录取了多达数百名儒者，而经过这次策问之后，以董仲舒、公孙弘所代表的儒家公羊学派迅速得到重用。
不过，汉武帝虽然推崇儒家思想，但仍认为董仲舒提出“诸不在六艺之科、孔子之术者，皆绝其道，勿使并进”的建议太过激进，汉武帝并未全部采纳，而是采取了“博开艺能之路，悉延百端之学”的方针，即将儒学提升为官方意识形态的同时，也保留了诸子百家之学。而汉武帝重视儒家思想的同时，通过治国实践，同样意识到了法家理论的重要，因此使法家与儒家思想糅杂并用，从而形成了一套“霸道与王道杂之”的汉家制度，这便是后人所说的“外儒内法”。