但有一点值得注意，由于宝剑骑士团是主教阿尔伯特一手组建的，所以教皇同意阿尔伯特独立指挥骑士团，也就是说，宝剑骑士团需要听命于主教阿尔伯特，这与其他骑士团直接听命教皇不同，所以其地位自然不如三大骑士团。
随着宝剑骑士团到处征战，周围的土著势力自然十分敌视这帮骑士。公元1217年，爱沙尼亚人联合罗斯人发动反击，一支约6000人马的联军攻入了利沃尼亚。时任大团长的沃尔金当机立断，率领人数处于劣势的3000骑士团主动迎战。
双方会战于菲林森林地区。
两军布阵中，宝剑骑士团以骑士、重骑兵坐镇中央，以当地仆从军为两翼，摆出一幅决一死战的架势。爱沙尼亚联军因成分混杂，显得凌乱不堪。
果然，在双方正式交战中，宝剑骑士团更像职业军团，而爱沙尼亚联军则如同匆忙上阵的民兵，鏖战不久，宝剑骑士团左翼就突破了敌军右翼，并斩杀敌军指挥官。此举使得爱沙尼亚联军指挥系统更加混乱，最终大败而逃。
此后数十年里，宝剑骑士团越战越勇，他们凭借自身优秀的战斗素养，以及来周围势力的增援，不断周旋于教皇、丹麦、不莱梅、罗斯等国之间，拉一派打一派，到公元1227年时，宝剑骑士团联合三大骑士团，征服利沃尼亚和爱沙尼亚大部，成为该地最大地主。
按说照此发展，宝剑骑士团应该能成为声望不属于三大骑士团的第四骑士团，然而崛起过快的宝剑骑士团内部问题重重。
首先是主教的关系。随着宝剑骑士团的势力越来越大，大团长自然不再愿意屈居主教之下，于是他们公然提出独立自主的要求，这使得骑士团与主教关系恶劣，最终双方分道扬镳，阿尔伯特不再为骑士团提供支持，另外还想法设法的削弱骑士团的领地。
其次是丹麦的强势介入。看着富饶的爱沙尼亚地区，作为波罗的海强国的丹麦自然也想分一杯羹，于是他们的国王以获得骑士团征服地为条件，援助宝剑骑士团，可是双方同床异梦，丹麦妄想直接兼并骑士团的土地，骑士团却只想利用丹麦，最终双方剑拔弩张，使得来自海上的援助彻底断绝。
最后是骑士团内部问题。创业之初的骑士团披肩斩棘、艰苦朴素，但地盘越来越大之后，骑士团内部开始腐化堕落，骑士们酗酒享乐、声色犬马，再加上对当地土著的管理不善，起义时有发生，于是骑士团只好用降低或者不收税来缓和矛盾。此举令骑士团的财政严重恶化，到后来已经无力雇佣更多的军队，还欠债无数。
宝剑骑士团的问题令教皇也很是不满，于是教廷试图让条顿骑士团入主波罗的海，以取代孱弱的宝剑骑士团。事实上，作为德意志最大的骑士团，条顿骑士团的地产雄厚，完全可以支撑更大规模的征服活动，这一点是到处欠债的宝剑骑士团所不能匹敌的。
意识到问题，宝剑骑士团大团长只好向条顿骑士团寻求帮助，对方认为与其忙着治理利沃尼亚和爱沙尼亚，不如出兵攻打更加辽阔的立陶宛，并承诺会出兵支援。
结果公元1236年苏勒之战，宝剑骑士团集中7000人的队伍。由大团长沃尔金率领，入侵立陶宛。结果大败，包括大团长沃尔金在内的几乎所有骑士阵亡当场，宝剑骑士团的主力精锐与高级骑士于此役全军覆没，骑士团至此没落。
苏勒之战彻底断送了宝剑骑士团，大团长及主要骑士阵亡后，条顿骑士团入住波罗的海，全盘接收了爱沙尼亚的土地，宝剑骑士团就此被吞并，沦为条顿骑士团附属。
法尔内斯就是宝剑骑士团的后裔，琼罗是米迦勒骑士团后裔，阿修雷是乌列后裔，而条顿骑士团的余部则落入了皇女玛丽贝尔手中。